随着冷藏集装箱制冷、控制技术的发展和日益完善，冷藏集装箱的海运不断扩大。严格控制温度，采用湿度和空气相结合控制新鲜水果和蔬菜，确保货物以最优质的质量交付给货主。尽管冷藏集装箱现在具有各种功能，但如果这些工作做得不好，它们仍然不能以优质的质量保证货物安全运输到目的地。
冷冻储存是保存易腐货物的一种古老而传统的方法。冷冻可以钝化酶的分解，减缓氧化，抑制微生物的生长和繁殖，使货物处于休眠状态，并能使产品在生产数周甚至数月后仍保持高质量。冷藏集装箱的海运和特殊箱运输显得尤为重要。
冷藏集装箱海运的拼箱混装
对低温冷藏货物拼箱运输，除了制成食品与食品原料由于卫生情况及不同种类货物串味而受影响外，一般不存在其他重大影响。一般货物在较低的温度下冻藏，更有利于保证质量。
一般来说，应避免混合新鲜水果和蔬菜。由于运输量、品种等因素需要注意以下问题，温度是水果和蔬菜的主要条件。水果和蔬菜温度越接近就越好。由于水果和蔬菜对温度变化特别敏感，低温可以降低呼吸强度，以提高水果和蔬菜的耐腐蚀性。
冷藏集装箱货物的包装
包装是冷藏集装箱货物的重要组成部分，是防止货物损坏和污染的基础。适当的设计和高质量的包装材料应能承受冷冻和运输造成的损害。包装应能：①防止货物积压损坏②运输过程中的冲击③标准外形尺寸，适用于直接放入集装箱④防止货物脱水、串味等。
由于上述原因，不同的货物应具有不同的设计和包装材料，以满足质量要求。易腐水果和蔬菜应使用的包装，应使空气能在货物中间循环，以带走货物呼吸产生的气体、水蒸气和热量等。
冷藏集装箱货物海运的堆装
根据冷冻货物、保鲜货物、一般冷藏货物和危险品等货物的不同特点，冷藏集装箱货物海运的堆放方式也不同。
由于货物本身不会散发热量，并且在包装前已经预冷到设定的运输温度，因此堆放方法非常简单，只需将货物紧密堆放成一个整体即可。货物和箱壁之间不得有间隙。但是，装载的货物应低于红色戒线。只有这样，冷空气才能均匀地流过货物，以确保货物所需的温度。
由于呼吸作用，新鲜货物会产生二氧化碳、水蒸气、少量乙烯和其他微量气体和热量。其堆放方式应使冷空气在包装材料和整个货物之间流动，补充新鲜空气。
